档案馆成立伊始，即向本校知名教授征集他们自己的重要著作手稿，拟建成本校具有特色的人物档案库。这是一件十分有意义的工作，它不但是本校教学科研历史的见证，也是专家们科学历程的记录，对于后人研究了解他们的历史、总结他们的经验，有十分重要的意义。对此，我校原副校长方应祥同志首先响应，1994年底即将其家藏的方国瑜教授遗稿数种首先捐献给档案馆。这些遗稿中有《么些民族考》、《么些文字考》、《西洱河民族经济文化之发展》、《读伯希和交广印度两道考》、《石鼓考》、《释十二支名义》、《见纽古读考》、敦煌唐韵研究、《论中国历史发展的整体性》等论文、资料，计三十本，数十万字。这些手稿中，有方先生早年收集整理的么些文字（即今称的东巴经文）、考证论文、待考书目，疑点难点，也有已经写好、誊清的论文。在这里，我们可以看到方国瑜教授治学的严谨，也可以窥见方先生治学的方法，以及他研究留给后人的题目，对于研究方先生者不无价值。

2002年12月23日，方应祥同志又向档案馆捐赠方国瑜先生诞辰一百周年纪念光盘。光盘内容包括：前言、求学之路、报效桑梓、关爱家庭、鞠躬尽瘁、录像片段。