云南大学于1992年成立档案馆，正处级单位，由一位副校长分管档案工作，接受省档案局、省教育厅的指导、监督与检查，是对全校档案管理和党史校史工作进行组织、协调和管理的职能部门，和为广大师生和社会提供档案信息服务的业务部门。其前身为成立于20世纪60年代的云南大学校长办公室档案室。1995年，成立了云南大学档案工作管理委员会，并在各基层单位和部门明确了负责人，设立了专职或兼职档案员，形成了全校档案的管理和工作网络。1999年2月原云南政法高等专科学校档案科并入。2005年12月学校党史校史研究室并入。现设有馆办公室（电话：65033010）、业务指导部（电话：65033810）、利用服务部（电话：65031310）、信息部（电话：65034928）和党史校史研究室（电话：65033087）。

档案馆与党史校史研究室实行“两块牌子，一套人马”管理体制，档案馆馆长兼任党史校史研究室主任。近年来，注重加强专业人才的培养和引进，形成了一支人员相对稳定，年龄、专业、职称结构合理的档案工作人员队伍。现有职工22人，其中在编21人，非编1人；职称结构：正高职1人，副高职6人、中职10人、初职4人、技师1人；学历结构：博士2人、在读博士4人、硕士9人、本科6人、专科1人，馆内专职档案管理人员的职称和学历结构不断优化。